孙承宗长叹一声，明白了天启皇帝的想法，当即就上折自请辞官。折子到了京师后，天启皇帝直接就驳回，给孙承宗写了一封信，信里的意思是自己知道柳河之役不管孙老师的事，孙老师是受了人牵连，朝廷中许多人弹劾孙老师有这样那样的问题，可他是绝对不信的，孙老师这些年在辽东劳苦功高，自己都是看在眼里的，让孙老师尽管放心就是，他作为皇帝，哪怕得罪了满朝文武都会保住孙老师的。

孙承宗接到天启皇帝的信后哭笑不得，他丝毫没有多想立即又写了一封辞职报告送往京师，天启皇帝依旧不许。

天启皇帝不同意那么孙承宗就再上书，态度极为坚决，两次三番，天启皇帝“无奈”只能答应了孙承宗辞官请求，下旨同意孙承宗辞去蓟辽督师的职务，但同时也给了孙承宗极大的殊荣，孙承宗特进光禄大夫，儿子世袭中书舍人，又赏赐蟒服、银币等，并派人保护孙承宗回家。

孙承宗去职后，去年就被天启皇帝起复回京的高第已经是兵部尚书了，随后天启皇帝下旨让他接替孙承宗为辽东经略。

没错，高第的职务不是蓟辽督师而是辽东经略，就是之前熊廷弼所担任的职务，天启虽然重用高第，并以他填补孙承宗离开后的空缺，但也在给予他的权限中做了限制，没有让高第接替蓟辽督师的职务，而是重新启用了之前辽东经略的职务进行替代。

高第赴任辽东经略，王永光接替他的兵部尚书之职，自此孙承宗主持辽东战事以此结局落幕。

得知孙承宗去职后，袁崇焕在辽东为孙承宗大呼不平，还摆出了一副要和孙承宗同进共退一起辞官回乡的架势。不过孙承宗很快就给袁崇焕去了一封信，信中告诉袁崇焕要以国事为重，不得意气用事，哪里有因为私人情绪而至国事不顾的道理？在孙承宗的劝说下，本就是做些姿态的袁崇焕自然从善如流，最终还是听从了孙承宗的劝告。

当这些尘埃落定的时候，时间也到了天启五年的十月，这时候的朱慎锥也早在一个多月前就回到了大明。

林丹汗挑起的战争在朱慎锥和卜石兔的联手下以虎头蛇尾的方式结束了，因为腾格尔部的先行撤军，林丹汗最终还是没和卜石兔一较高下，很快就撤军返回了察哈尔。