但将军的决断只为地球争取了200年。

之后，联盟政府洗牌（为了区分，后称联合政府），统一教势力越发壮大。

而纳米机器人首次进入的时间，便是“和谐开采公司”（简称cec）派遣名下的行星裂解飞船“石村号”非法开采神盾七号不久。

没错，他们去挖红色神印了。

就算有正常人察觉到殖民地发生大规模自杀事件和他们挖出来的红色神印有关，也无法对抗飞船上的统一教成员。

所以石村号表面非法采矿，实际是为了运输红色神印，所有人员都算合理损耗。

一番操作下来，睡了200年的主脑醒了，开始控制尸变体袭击人类。

殖民地失守，但还是有幸存者开着紧急航天器带着尸变体进入了“石村号”。

后面就是葫芦娃救爷爷，挨个送了。

纳米机器人在失去自己的医疗官主人后，又认其男友（游戏真主角）为主，之后的剧情便转为男主视角。

2508年，收到“石村号”求救信号的cec派遣小型搜救船“凯利昂号”前往救援，担心女友的男主随船出发。

经历了一系列利用与背叛后，失去所有队友的男主成功将红色神印送回出生地，并杀死主脑，逃出石村号。