武德四年，李子通不降大唐，杜伏威领命讨伐，遂派麾下大将王雄诞征讨李子通，并将子通捉住献于大唐。

李世民要平定刘黑闼，南破徐圆朗后，天下大局明了，杜伏威也知道天命如此，遂上表亲自前往京师供职。李渊对他的识相很高兴，加了他太子太保，余官如故，而且入朝之后，礼遇有佳，他在朝的班次，仅次于太子李建成，秦王李世民之下，甚至连齐王李元吉都得站在他下首，由此可见其地位之高。

但杜伏威没想到，他看错了人，他的好兄弟-辅公祏替代他留守江南不久后，竟然起兵反叛，且对外宣称是杜伏威之令。

其实，当时的朝中就有一些臣工说，如果真的是杜伏威想反叛，他就会学李密一样逃跑，而不是留在长安等死。

但李渊听不得这些，一面让人包围了杜府，一面让李孝恭、李靖前往讨伐。

杜伏威没想到会被好兄弟出卖，更没有想到李渊竟然借机发难，根本就不听他的解释，弄得他百口莫辩。最后在王府，暴卒而亡。

而辅公祏呢，也是真坑爹，即便被活捉了，还咬定就是杜伏威只是的。李渊也是毫不念旧情，直接下旨，将杜伏威在李姓宗亲中除名，并将其妻儿全部充军为奴。