台南沦陷的消息传到台湾各地，所有的人除了错愕之外，就只剩下震惊，但大家都并没有因此陷入恐慌与绝望之中，因为红标军刚刚在台湾北部取的大胜让许多人都冲昏了头脑，以为日军全是不堪一击，黑旗军虽然小败一场，但那是趁着钦帅不在台南，城内防务空虚之际偷袭成功，待到钦帅率大军赶到，必定将台南日军全部歼灭。

事情也正如此，刘永福一接到消息，即刻率几十骑从瑞芳赶向台南，以自身的号召力沿途召集各路义军，等赶到嘉义时，竟也给他带出一千多的人马，一时之间声势浩大，龙腾马跃，大有一股作气扫荡台南日军之气势。[]

日军一夺下台南之后，立刻分别从陆路与海路两个方向向台南西南部的高雄发起猛攻，短短几天时间便攻克打狗港，也就是今日的高雄港。

因为打狗港已经对外开放成为通商口岸，虽然只有部分外国贸易商进驻，港口规模一直无法扩大，但是打狗港却是一个狭长的小海湾，形状酷似一只口袋，湾内港阔水深，风平浪静，可以停泊日军大型补给军舰，因此日军夺下台南之后，便重点攻击打狗港，并且在一天的时间内就攻克打狗港。

此时台湾南部的义军与清军早已乱作一团，除了明确知道台南失守的消息之外，其他的消息竟然全不在掌握之中，而且谣言也越传越离谱，有人说日军已经将嘉义攻陷，有人说日军已经打到彰化，甚至还有谣言说连苗栗都受到日军的攻击，一时之间台湾南部军民草木皆兵，惴惴不安，大家都死死地紧捂着自己的地盘，瞪大眼睛看其他人地盘的状况，谁也不敢轻易派兵却迎击日军，以免有去无回。

这也使得日军从台南登陆后，主力南下攻击高雄，台南一片空虚，驻台的各路清军与义军居然不敢乘虚而入，夺回台南，等到高雄沦陷，日军登陆的主力部队调转矛头往北面的嘉义进军时，大家才知道已经错过了大好的时机，懊悔不已。

刘永福带着各路义军赶到嘉义时，此时的嘉义已经成为抗日的最前线，满城进进出出的全是穿着青色号衣的清兵以及勇营，还有不少老百姓拿着扁担、柴刀、木棍自发性地到前线助威助阵，吵吵囔囔，声浪鼎沸，全城一副热火朝天的景象。

刘永福到得嘉义城时看到城内百姓正在拼命地放鞭炮敲锣鼓，一副喜气腾腾的样子，经一打听这才得知原来昨日守备王德标预先在城外义军营地埋下了许多的地雷，均以药线连接，并进行了巧妙的伪装，使敌人不易察觉，等一切布置完好，王德标便率军入城，让义军在城外对日军先锋部队进行攻击，然后佯装不敌败退入城，使得日军麻痹大意，真以为义军败退，当晚便在义军营地留宿。

半夜时分，王德标派几名勇士潜至日军宿营的义军营地附近，迅速将地雷药线点燃，接二连三地引爆埋藏在各处的地雷，将还在睡梦之中的日军炸得血肉横飞，伤亡惨重，义军由此大胜