其实对于西南边了陲改土归流的想法，早在洪武、永乐两朝时就曾一度成为朝堂上压倒性的意见。洪武大帝、永乐大帝都曾经算计过西南土司，洪武大帝出手，给思南、思州两地土司的纷争埋下了隐患，直到永乐帝时才发酵成熟。引发了一场战争。

永乐大帝并没有放过这个机会，他趁机出手。罢黜两思土司，分两州为八府，瓦解了贵州四大军阀中的一个。如果永乐皇帝挟胜追击，凭他的雄才大略，未必不能在有生之年解决西南问题。但是，站在一个帝国最高统治者的角度，他还有更重要的事情：北元！

北元已经被逐回大草原，且分裂为鞑靼、瓦剌两大集团，但他们的实力仍旧不容小觑。永乐大帝迁都北京，以天子守国门为由，试图彻底解决北方边患，为此他五征漠北，战略重心的转移，使得他只能暂且放下相对来说不是那么急切的西南问题。

结果，西南问题就这么一直拖延了下来。自永乐帝之后，北方边患一直是朝廷最关切的问题，尤其是朝廷迁都之后，与北方近在咫尺，更是不得不格外关注，期间又加上东边的倭寇还有交趾问题。实在无暇顾及西南了，所以土司老爷们很是过了上百年的太平日子。

本来西南问题在北方草原的威胁彻底解决之前，是永远不会成为朝廷大员们关注的重点了，但是这时候发生了一件事，把朝廷的目光重新吸引到了西南：川南僰人造反了！

川南僰人一向不大买皇帝的帐，他们占山为王，划地收租。时常出兵袭扰周围府县，在受到朝廷责斥处罚后干脆举兵造反了。

朝廷研究应对之策时，大部分官员都主张安抚，但当时刚刚成为首辅的张居正却力主严惩。张居正为此声色俱厉地对满朝文武说：“我若不能平息该地，情愿辞去首辅职务！”如此一来，朝廷只能选择对川南用兵。

张居正这么做，其实有他的政治目的。就如杨广夺了杨勇的位、李世民夺了李建成的位，赵光义夺了赵德芳的位，夺位者总觉得自己得位不正，需要大功绩来巩固自己的名声和地位，张居正也有这个顾虑。

当时的张居正才刚刚成为首辅，还远未达到后期上慑天子、威压百官、天上地下唯我独尊的地步，对于他成为首辅，当时很多大臣极为不满，其根源在于：张居正成为首辅，手段不甚光彩。

在张居正之前，首辅大臣是高拱，高拱专横跋扈，性如烈火，这是他的短处，但他作为首辅，励精图治，不数年内便政绩卓然，也是他的能力，所以当时地位很稳固。

张居正想成为首辅，最大的障碍就是高拱，而当时万历皇帝刚刚继位，年方十岁，高拱觉得天子年幼，内廷势大，容易出现隐患，想削弱司礼监的权力，如此一来，就与内廷太监们产生了极大的矛盾。

张居正见这是个机会，便与内廷大太监冯保交好，联手对付高拱。万历继位时，高拱担心天子年幼，国家会发生动荡，曾经忧虑地说过一句“十岁太子如何治天下？”

但张居正联合冯保，把这句话改成了“十岁孩子如何做人主？”并秘密禀报了太后，说高拱有意先削司礼监之权，集权于内阁，接着就要逼宫，拥立一位成年的藩王为帝。

太后一听大惊失色，马上抢先下手，把高拱下狱，想要处死，幸亏吏部尚书杨博、御史葛守礼等人全力相救，这才免于一死，罢官回乡。

高拱初遭难时，张居正还曾前往探望，百般劝慰，并上书为他求情，高拱也很感激，但纸是包不住火的，真相渐渐还是被高拱打听到了。