毛文龙在皮岛一带不仅大肆敛财，克扣军饷，欺压士卒，残害岛民，甚至还私设马市，与外国人来往贸易十分密切，也时长做些海盗的勾当与其说是朝廷命官，反倒更像海盗悍匪。

不过现在这个时候，还不是对付毛文龙的时候，虽然现在他对朝廷来说作用有限，但是至少还是可以对建奴产生一定的牵制的，若是妄然把他除掉，不仅是替建奴除去一患，而且可能还容易惹出别的事端来。

要知道，耿仲明、尚可喜和孔有德这三个赫赫有名的大汉奸可都是从毛文龙的帐下出来的，这三人不仅后来成了建奴的走狗，而且在叛变之前，耿仲明和孔有德二人还曾搞出了“登州之乱”，又称“吴桥兵变”！

吴桥兵变不仅是耿仲明和孔有德在山东半岛掀起的一场大规模叛乱活动，也因此彻底改变了明朝与后金之间的军事平衡。

当年毛文龙被斩，耿仲明和孔有德被时任登莱巡抚的孙元化接收，二人在孙元化这里学到很多铸炮和操炮的先进技术，然而吴桥兵变之后，他们却将孙元化在登莱之地数年经营和积累的毁于一旦，掠走大量红夷大炮和西式火炮，城中泰西人尽皆伤亡，孙元化最终也因此获罪被处死。

而后，耿仲明和孔有德带着他们在登莱二州掳掠来的财货和大炮，投降了后金，从此之后，后金的火器进入了飞速发展的时代，明军再也不能依靠火器的优势来压制后金军。

当然，这里面存在很多的偶然，不能说后来耿仲明和孔有德带头搞“吴桥兵变”以及后面投降后金，是因为袁崇焕斩杀了毛文龙所造成的后果，对此朱天启是明白的。