有一部分的细胞核核膜会向细胞质延伸，形成许多相通的小管与囊袋，构成迷宫状的网络，称为内质网，部分内质网上附着著核糖体，称为粗糙内质网(粗面内质网)，其他的部分则称为平滑内质网(滑面内质网)。而平滑内质网上有特殊的酶系统，负责合成脂质和胆固醇，也能够氧化有毒物质以减低毒性，在肝脏协助可调节血糖，在肌肉细胞可储存许多钙离子协助肌肉收缩；粗糙内质网则和蛋白质的合成有密切关联，附着在粗糙内质网的核糖体所制造的蛋白质，主要运送到膜上，或是分泌出细胞之外。

核糖体

负责合成蛋白质的胞器，由大、小两个次单元组成，次单元之中有核糖体rna和核糖体特有的蛋白质，在细胞质中，接受细胞核的遗传讯息、细胞外的刺激讯息，以合成蛋白质，可分为游离核糖体与附着核糖体，前者所制造之蛋白质专用于细胞质内部（不含胞器内部，后者则先经过内质网腔修饰，以小囊泡运输到高基氏体做进一步的分类与修饰，完成的蛋白质主要包装在胞器之中、运到膜上、或是运出细胞之外。

高基氏体

高基氏体，又称“高尔基体”，是好几个扁平的囊袋相叠而成，而且有固定的方向性，彼此之间并不相通。主样负责蛋白质的修饰、分类与输送，从粗糙内质网合成的蛋白质被包在小囊泡中首先送到高基氏体，在这里一些酶会将蛋白质修饰，例如加上一段特别的糖类标记，而许多脂质、糖类也会在这里合成并且修饰，随后再利用小囊泡往外运输。

溶体

溶体，又称“溶酶体”是单层膜的囊状胞器，内部含有数十种从高基氏体送来的水解酶，这些酶（或是称做酵素在弱酸的环境之下（通常为ph值5能有效分解生命所需的有机物质，许多透过细胞吞噬的物质，会先形成食泡，然后跟溶体融合并且进行消化。另外溶体也对老旧、损坏的胞器和细胞质进行分解，产生的小分子随后可再次被细胞利用，一旦溶体破裂释放出水解酶，细胞就会被分解，许多细胞凋亡的程序都与溶体有关，例如：蝌蚪变成青蛙尾巴的消失、人类胚胎手指的形成。

液胞（液泡

这是另一种囊状的单层膜胞器，在细胞中扮演不同角色，形状可大可小。通常植物的液胞较大。在原生动物，例如草履虫，液胞扮演伸缩泡的功能，将过多的水分收集并排出体外；大多数植物细胞液胞在细胞成熟后，占有大部分的细胞体积，可以储存水分、存放色素，有些种类植物的液胞更能够协助光合作用的进行，另外液胞也有一个很大的功能：协助细胞往大体积的方向演化同时，能够使得细胞质的表面积变大，有利物质交换。

粒线体

粒线体，又称“线粒体”之所以如此称呼，是因为在显微镜下有两类主要的外观，是一种双层膜的胞器，外膜平滑，内膜则朝内部形成皱折状的构造称为折襞，目的是为了增加生理作用的表面积，折襞之间充满基质，其中有许多的代谢反应进行。整个粒线体主要协助细胞呼吸，并且产生细胞使用能量最直接的形式，三磷酸腺苷。特别的是粒线体有自己的遗传分子，与细胞核的遗传物质不同，只遗传到这个胞器的子代胞器，而不是子代细胞，能够让粒线体自我分裂增殖，制造本身需要的一些蛋白质，但是仍有一些调节控制的过程受到细胞核的影响，更重要的是，粒线体基因只在母系遗传，不遵守孟德尔遗传律，有助于研究人类演化的研究。必须特别注意的是，粒“线”体不应该误写为粒“腺”体。

叶绿体

叶绿体也是双层膜状的胞器，跟粒线体类似的地方是，它也有自己的遗传物质，能够自己分裂增殖，自制本身所需的一蛋白质。主要的功能是吸收光能，转变成化学能，并借此将无机物（二氧化碳和水合成为有机物（糖类，这个借由光能产生营养物质的过程称为光合作用，光表示光能，合表示合成。

动物细胞与植物细胞比较