当然他们可不能抛弃主子，只不过稍作休息就跟了上去。经历了将近二十年的逃亡，先轸已经是一位饱经风霜的成熟政客了，跟着重耳游说各国的国君，见识大增，对各国的情况也了解透彻了，相当于跟着重耳出了二十年差，经验大涨，业绩能力蹭蹭蹭的往上飙。
回到晋国以后，晋文公建立了三军，根据赵衰的推荐“先轸有謀”，就封了先轸为中军元帅。先轸在后来的城濮之战中，运用先进的军事思想和战略，打败了楚军，打响了晋国的霸主的威名。在晋国历史上，在春秋时代的历史上，先轸都算是一位杰出的将领，要知道在没有前人经验可以借鉴的基础上，他仅凭自己想出来的办法，就打败了泱泱大楚，实在是厉害啊！如果将先轸说成是古代的第一个战神也是可以接受的。
城濮之战，总兵力不下十万，行军、作战范围纵横数千里，时间长达五个月之久，是春秋时期规模最大、形势最为复杂的战争，而先轸凭着过人的谋略和高超的指挥才能，创造了以少胜多、以弱胜强的战例。他创造的避实击虚，诱敌深入，集中优势兵力各个歼敌的作战原则，成为后世兵家部署战争依据的法则之一。战后，晋文公在践上会盟，正式确立霸主地位。后人说，“城濮之事，先轸之谋”。
晋文公九年（前628年冬，晋文公卒而未葬，秦国乘机发兵偷越晋国袭击郑国，中途遇见郑国的爱国商人弦高，弦高“以十二牛劳秦师”，同时派人回国报警。秦军偷袭郑国不成，转而灭了晋国的属国滑（今河南偃师县南。这种乘人之危，过境不借道，又袭击灭晋之滑的不义行为，是对晋的严重挑战。作为执政的正卿先轸，主张立即出兵崤山击秦。先轸认为，秦是晋争霸中原的潜在敌人，这次劳师远征，正是“天奉(与)我。奉不可失，敌不可纵；纵敌患生，违天不详。”于是力主出兵歼灭秦军。有的大臣认为秦曾对晋有恩，攻秦愧对刚去世的文公。先轸说：“先君去世，秦不但不哀，反而乘机偷越我境，灭我同姓邻国，还有何恩可言。一日纵敌，数世之患。歼灭秦军是为了子孙后代着想，有何愧对文公？”此时先轸身为正卿及中军元帅，军政大权集于一身，既然他决心已定，即使是刚上台的襄公，也难以阻止他实现自己的计划。当时，襄公居丧，便改白色孝服为黑色，以梁弘为御戎，以莱驹为戎右亲征。由先轸率军渡过黄河，在秦军返国必经的崤山（河南陕县东南设伏以待。秦军疏于戒备，中伏被歼，统军三帅孟明视、西乞术、白乙丙也被俘虏。古籍记载说：“匹马只轮无反者”，或“无一人得脱者”。这是我国军事史上第一个干净、漂亮的伏击歼灭战战例。
崤山之战全胜，沉重打击了秦国东进中原称霸的企图，奠定了晋襄公继续霸业的基础。但是在如何处理三员秦将的问题上，先轸与襄公发生了激烈的争执。晋文公的夫人本是秦穆公的女儿，襄公的嫡母。她请求把俘虏的秦军三将释放回国，这样既满足了秦穆公“亲手惩治败将”的愿望，也有利于两国关系的改善，于是晋襄公马上下令放走秦军三将。先轸知道后，大为恼火，指责襄公听信妇人之言，把将士们喋血沙场抓来的俘虏放走，是放虎归山，必成后患！说到气愤处，竟失态啐了襄公。果然，秦穆公亲迎三帅与郊外，并主动承担了崤战失败的责任，仍然继续重用三帅。
先轸啐了襄公，他觉得自己做的太过分了，就叫襄公免了自己的元帅之职，可襄公只是说自己做错了事。襄公的信赖和宽容，更让刚烈磊落的先轸自责和愧疚，他认为自己在国君面前如此意气用事，如果得不到处罚，其他的大臣就会效仿，国君的威信就会扫地。所以他决定等待机会，以特殊的方式处罚自己，以惩辱君之过。就在这年秋天，狄国举国之兵攻打晋国，到达箕地（今左权县芹泉镇箕山一带。先轸用计谋大败狄前军，但就在战斗将要结束之际，先轸在帐里留下一封书信，只身杀入敌阵。他挥戈拨挡，未中一箭，连杀敌军三员大将、二十多名士兵。先轸见狄军不能伤自己，随即脱下盔甲，与狄军肉搏，没多久就被百箭穿身而死。据传先轸死后，尸体屹立不倒，狄人以为天神降临，问他厚葬在狄还是晋？问到晋时，尸体轰然倒下，示意落叶归根。当狄人把他的头送回，面色还像活着一样。等战争结束后，有人在帅帐里发现了先轸留下的书信：“臣对君无礼，君不怪罪，也不贬谪。倘若这次打了胜仗，君要赏赐我就是对无礼之人行赏，要是不赏赐就是对有功之人无奖。功罪混乱实在无法执政，故此我以狄军之手替我君实施刑法！”
先轸去世后，晋襄公率文武百官和晋都百姓，为先轸举行了隆重的国葬，揣其心意归葬于他的故乡今左权县境内，并命他的儿子先且居继任正卿。国人感念其忠勇，在箕城（今左权县境内给他建立了祠庙。今城南一公里处庄则村原存有晋大夫先轸祠。元代皇帝曾赠封“晋大夫先轸之神”，明洪武七年赐号“晋大夫先轸之庙”。过去，每年农历五月，这里都有盛大庙会。
先轸还将他指挥作战的经验进行总结，著成兵书五篇，今存《汉书·艺文志》中有《孙轸》五篇，并附图五卷，列入“兵”形势家。其中有“行势者，雷动风举，后发而先至，离合背向，变化无常，以轻疾制敌也”句，这与先轸军事谋划、作战指挥完全吻合。有专家考证，《孙轸》五篇为先轸之作。这说明，先轸不仅是中国历史上一位著名的军事家和谋略家，还是一位卓越的军事理论家。