萧何辅助吕后，诛杀韩信，很符合汉高祖“固根基“的方略，是为刘邦除去了一块心病。刘邦对萧何更加恩宠，加封五千户。这就是后来人们常说的“成也萧何，败也萧何“一语的由来。
自污名节
萧何计诛韩信后，刘邦对他更加恩宠，除对萧何加封外，还派了一名都尉率5名兵士作相国的护卫，真是封邑进爵，圣眷日隆。众宾客纷纷道贺，喜气盈庭。萧何也非常高兴。这天，萧何在府中摆酒席庆贺，喜气洋洋。突然有一个名叫召平的门客，却身着素衣白履，昂然进来吊丧。萧何见状大怒道:“你喝醉了吗?“
这位名叫召平的人，原是秦朝的东陵侯。秦亡后隐居郭外家中种瓜，味极甘美，时人故号东陵瓜。萧何入关，闻知贤名，招至幕下，每有行事，便找他计议，获益匪浅。今天，他见萧何仍未领会他的意思，便说:“公勿喜乐，从此后患无穷矣!“萧何不解，问道:“我进位丞相，宠眷逾分，且我遇事小心谨慎，未敢稍有疏虞，君何出此言?“召平说道:“主上南征北伐，亲冒矢石。而公安居都中，不与战阵，反得加封食邑，我揣度主上之意，恐在疑公。公不见淮阴侯韩信的下场吗?“萧何一听，恍然大悟，猛然惊出一身冷汗。第二天早晨，萧何便急匆匆入朝面圣，力辞封邑，并拿出许多家财，拨入国库，移作军需。汉帝刘邦十分高兴，奖励有加。
刘邦亲自率兵征讨。他身在前方，每次萧何派人输送军粮到前方时，刘邦都要问:“萧相国在长安做什么?“使者回答，萧相国爱民如子，除办军需以外，无非是做些安抚、体恤百姓的事。刘邦听后，总是默不作声。来使回报萧何，萧何亦未识汉帝何意。一日，萧何偶尔问及门客，一门客说:“公不久要满门抄斩了。“萧何大骇，忙问其故。那门客接着说:“公位到百官之首，还有什么职位可以再封给你呢?况且您一入关就深得百姓的爱戴，到现在已经十多年了，百姓都拥护您，您还再想尽方法为民办事，以此安抚百姓。现在皇上所以几次问您的起居动向，就是害怕您借助关中的民望有什么不轨行动啊!试想，一旦您乘虚号召，闭关自守，岂非将皇上置于进不能战，退无可归的境地?如今您何不贱价强买民间田宅，故意让百姓骂您、怨恨您，制造些坏名声，这样皇上一看您也不得民心了，才会对您放心。“萧何长叹一声，说:“我怎么能去剥削百姓，做贪官污吏呢!“门客说:“您真是对别人明白，对自己糊涂啊!“
刘邦平定了黥布的叛乱，撤军返回长安。百姓们拦路上书告状，控告相国用低价强行购买民间的土地房屋，价值数千万之多。刘邦回到宫中，相国前来拜见。皇上笑着说:“当相国的竟然侵夺民众的财产，为自己谋利!“把百姓们的控告信全部交给相国，说道:“你自己去向民众谢罪吧!“相国乘机为百姓们请求说:“长安一带地方狭窄，而上林苑中空地很多，白白地抛荒，希望下令让民众进去耕种，(收成后粮食归耕者所有)禾秸则不许收走，留下来作苑中禽兽的食料。“刘邦大发雷霆，说:“相国你大收商人的财物，却来讨取我的上林苑!“于是就下令把相国交给廷尉拘禁起来，还给他上了刑具。
过了几天，一个姓王的卫尉侍从刘邦，上前问道:“相国犯了什么大罪，陛下怎么突然把他关起来了?“刘邦说:“我听说李斯担任秦始皇的宰相，办了好事都归功于主上，有了错误则自己承担。如今相国大量接受那些下贱的商人们的金钱，却来为百姓求取我的苑林，想以此来讨好百姓，所以我要把他关起来治罪。“王卫尉说:“要说在自己的职责范围之内，如果有对民众有利的事就为他们向陛下请求，这真是宰相应做的事，陛下怎么竟然怀疑相国接受了商人的贿赂呢?况且当初陛下与楚军相持不下，有几年之久，陈豨、黥布反叛时，陛下亲自率军外出平叛，在那个时候，相国留守关中，如存异心，只要稍有举动，函谷关以西的地方就不属陛下所有了。相国不在那时为自己谋利，如今难道会贪求商人的金钱吗?再说秦皇是因为不知道自己的过错而失去了天下，李斯为主上分担过错的做法，又有什么值得效法的呢?陛下怎么能用这种浅陋的眼光来怀疑宰相。“刘邦听了，心中很不愉快。当天，派遣使者手持符节赦相国出狱。
萧何当时已是6多岁的老人了，见刘邦开恩释放了他，更是诚惶诚恐，谨慎恭敬。虽然因为全身带上刑具，害得他手足麻木，连路都快走不动了，而且蓬头赤足，污秽不堪，但又不敢回府沐浴再朝拜天子，只得这样上殿谢恩。刘邦见萧何如此狼狈，也觉得有些过意不去，便安抚萧何道:“相国不必多礼!这次的事，原是相国为民请愿，我不允许。我不过是夏桀、商纣那样的无道天子罢了，而你却是个贤德的丞相。我之所以关押相国，就是要让百姓知道你的贤能和我的过失啊!“
晚年生活
刘邦晚年，宫廷内部发生了一场废立太子的斗争。刘邦要废掉太子刘盈，改立刘邦宠爱的戚姬的儿子赵王刘如意为太子。只是由于萧何、张良等大臣的多次诤谏，刘邦才一直未作决定。
汉十二年(公元前195年)四月，刘邦病逝于长乐宫，享年62岁。同年，太子刘盈即位，是为惠帝。萧何继任丞相。不过这时，萧何年事已高。这期间，萧何在“约法三章“的基础上，参照秦法，摘取其中合乎当时社会情况的内容，制定了律法共九章。这是汉朝制作律令的开端。萧何制定的汉律九章，删除了秦法的苛繁、严酷，使法令更为明简。公元前193年，年迈的萧何，由于常年为汉室操劳，终于卧病不起。病危之际，汉惠帝亲自前往探望，并趁机询问:“丞相百年之后，谁可代之?“接着惠帝又问:“曹参如何?“萧何听了，竟挣扎起病体，向惠帝叩头，道:“陛下能得到曹参为相，我萧何即使死了，也没有什么遗恨了!“惠帝赐萧何谥号为“文终“。