恰好五六年后，朝野震荡，天下风雨飘摇，紧接着皇太子即位，这位年轻皇帝传闻温顺恭良，仁义孝俭，可惜少了他爷爷朱元璋的雄才大略，其位未稳便着手削除藩王，虽然动作颇为和缓，但风言风语已经传遍江湖，菩提树众人已经隐隐察觉到即将到来的震荡之势。
所以他们隐于暗中，窥测天下，果然不到一年后，皇帝削藩，燕王作乱，所谓的靖难之役一触即发，天下动荡，民不聊生，三年的战火在中原大地肆意漫延，菩提树也趁势发展壮大，当时聂归尘已经预料得到朝廷必败无疑，毕竟小皇帝还是太年轻了，和一直平定战乱颇有先皇遗风的燕王朱棣比差了太多，至少如之后发生的种种惨迹来看，朱棣足够的心狠手辣，然而一夫作难，必要有雄才大略和干净利落的手段，朝廷之败，理所当然。
然而，百密一疏，这小皇帝虽然在打仗上差了火候却还是逃走了，只不过逃得狼狈，如同曾经的他自己一样，甚至比他更狼狈，他丢的不过是一个杀手组织，但朱允炆丢的却是天下，是大好的山河，是自己的皇权，虽然传言他死于火中，但是市井之中更多的传言却是下落不明，菩提树众人耳目众多，虽然也无法得知其中内情，但却有一点可以确认，这位天子必然是逃走了，虽然皇权巍峨，不可触犯，但若论情报窃取，市井耳目，像是菩提树、十二连环坞、丐帮这样的帮派可是更胜一筹。
在燕王朱棣即位后，迁都京师。
宫中司天监观星预言，此地天星明灭不已，龙脉不息，仿若明龙暗潜，蛟龙通天，星月激荡，天地交隔，久留则伤，是为祸端！
司天监观星之论也恰好契合了实际，朱允炆下落不明，虽然朱棣为了让自己夺权更为顺理成章已放出传言先朝天子已经自焚于大火之中，但他却明白，事实并非如此，于是听从司天监之言，泯旧宫而诛龙脉，颠东南而起西北，下旨迁都！这可谓历朝历代中都罕见的举动！
迁都的同时也秘密将前朝的龙脉尽皆毁去，再无一丝龙气。
朱允炆当然没有死，他从小长于皇宫，对宫内之建筑无不了如指掌，虽然败的狼狈，但却在溃败之前已经想好了退路，宫中无数金银都被安放藏匿，他自己也带着几个心腹逃之夭夭，本来他藏于暗中躲避朝廷爪牙追捕，发展势力以期重新夺回江山，但没等他待时而动，这老奸巨猾的朱棣做出了他无论如何都没能想到的决定，竟然远赴千里迁都京师！并且毁去了龙脉，未能留下一丝可挽回的余地。
朱允炆怒不可遏也仰天无泪，也就在这个时候，他的行踪为暗水所察觉。
谁也不知道他和朱允炆说了什么。
也不知道是谁说服了谁。
之后，朱允炆真的消失了，建文帝也成为了历史，然后，凭借着朱允炆暗藏的无数金银珠宝，多年后，一个庞大而又令人胆寒的刺客组织逐渐扬名天下，这就是暗水。
没有人知道谁是创建者，甚至连堂主都没见过幕后的首领，暗水不断壮大的同时也不断精简，剔除糟粕，不断完善，不多几年，便成为了江湖中最有名、势力最大也最为神秘的杀手组织。
聂归尘很高兴，他再次创造了一个人生的奇迹，当然，朱允炆也很高兴，他也有了夺回江山的资本，经过耻辱的靖难之役，他一下子长大了，或者说成熟了，而且巧合的是，两个人都有着相似的经历，一个有着雄才大略和高绝的身手，一个是天生的真龙天子，还手握富甲天下的财富，可谓珠联璧合互为裨益，朱允炆帮他再现了旧日的辉煌，聂归尘则为朱允炆创建了一个引人注目却不为朝廷所察觉的军队，更妙的是，他的智谋和隐忍也让朱允炆学会了卧薪尝胆和冷静。
经过了近十年的筹备，暗水成为了一个最可怕的刺客组织，虽然朱允炆也有心急的时候，他想要刺杀朱棣，可是又谈何容易，派去的刺杀人员尽皆石沉大海，虽然他在朱棣迁都之后放了几次大火烧掉了要建成的宫殿并传言迁都乃为灾祸的开始，甚至秘密让潜入宫中的官员联合旧朝老臣联合抗议，以期动摇朱棣的皇位然后能让自己有机可乘，可是不仅聂归尘劝说朱允炆不要这么做，而且后面发生的事情也证明了他的判断和朱棣的心狠果决。
从此之后，朱允炆隐忍暗处，挥霍着金银和刀剑将暗水变成了一个地下王国，他们二人为了这一天都付出了太多，甚至他也把朱允炆的复辟看作自己的一场盛宴，他希望能够缔造这样一场宏大而又惊天动地的事件，这将是怎样的值得心潮澎湃的盛典，两个人像是注定要遇见并成就一番事业，朱允炆佩服他的果决坚毅和运筹帷幄，称他足可担任三军统帅！
二人珠联璧合，也相信这就是上天的安排，何其相似的经历，何其相投的志趣，又是何其惊人的巧合，这不是上天的安排是什么？
所以即使朱允炆要做的事看似艰难无比，即使聂归尘已将近耄耋之年，却仍然如同少年，他们手握着黑暗中最强力的权势呼风唤雨，当他们终于将手伸向了皇权，甚至轻易的成功踩在朱棣的心腹十三王爷的脑袋上时，他们知道，时机到了，这就是上天的安排。
朱允炆欣喜不已，甚至落了泪，而聂归尘也觉得，四海八荒，天下之大，是该做点什么换一番旧山河了。
然后他们终于攻入了皇宫，他们也见到了朱棣，甚至在此刻，血流成河，只剩下朱棣一人，随时可将他碎尸万段，他们走到今天，都走的太辛苦，所以朱允炆强忍着这份激动和狂喜在见到朱棣的那一刻——我等这一天，等了很多年了。
是啊，很多年了，人生，有几个十年，还是心心念念等待的十年，平淡的十年不过弹指间倏然而过，但是装着复仇的业火而奋战的十年，是何其的煎熬和难耐。
然而，这飞舞的血花，让一切陷入朦胧。