十几年来，崔浩在前后两代魏主的支持下，一直在暗中推进一个庞大的计划，为此他动用了海量的资源。

晋太元二年，孝武帝司马曜即位，矢志改变门阀凌驾皇权之势，内用谢安为中书监录尚书事，职领百官，以之对抗恒氏；外命兖州刺史、建武将军谢玄掌江北诸军事，镇广陵，太元四年又进号冠军将军，加领徐州刺史，镇京口，以抗苻秦。其间谢玄在广陵、京口两地广招劲勇，应募入军者众多。

广陵、京口两地均位于建康之北，处长江下游，临江据岭，形势险要，为兵家所重，故先后被辟为军府，镇守京都。而京口又名北府，故此人称这支新军为北府军。

这支军队以谢玄为统领，佐以彭城刘牢之、东海何谦、琅琊诸葛侃、乐安高衡、东平刘轨、西河田洛、晋陵孙无终等骁勇善战的流民帅，十余年间战无不捷，威震敌胆。

太元十二年，谢玄因病回朝，北府军开始由盛转衰。此后十五年间，北府军历经司马恬、王恭、刘牢之等人掌控，成为争权夺利之所，逐渐败落，最终被龙亢恒氏拆散，北府军至此名存实亡。

失去了北府军的震慑，孙恩趁机再次起兵进犯扬州临海郡。而权臣恒玄则自封为太尉，督管天下军事，逼迫晋帝司马德宗授予自己剑履上殿，入朝不趋，赞奏不名的礼遇，次年又悍然强迫司马德宗禅位于己。与晋相邻的魏、秦、燕等北方诸胡也蠢蠢欲动，试图趁火打劫。

就在天下风雨飘摇、晋室危于累卵之际，气吞万里的盖世雄才刘裕横空出世，凭借一己之力扭转了局面，改变了天下格局！

刘裕先是托庇于恒玄帐下，领兵数败孙恩，迫使其投海而死。三年后又以打猎为名，聚集北府兵残余兵将一千七百余人，在京口传檄四方，举兵讨伐恒玄，各地纷纷响应，北府军得以重组。数月间，刘裕多次大破恒玄，逼使其败走江陵，后为益州督护冯迁所杀，恒玄之乱遂止，刘裕将司马德宗迎回建康复位。