虽然慈航真人与观音菩萨在法相上看来如出一辙，但是在道教看来，慈航真人与观音菩萨根本就是截然不同的两个人。

举个简单的例子。

性别。

对于道教来说，慈航道人是道家女真神仙，修道成仙前本就是女人。

根据《历代神仙通鉴》记载，在普陀落伽岩潮音洞中有一位女真君，相传在商王时就在此修道，已习得神通三昧，发愿要普度天下男女。经常用丹药和甘露水救济百姓，南海人都称她为慈航大士。

古经《灵宝经》里记载说慈航道人原为禅黎世界坠王的小女儿，都到了四岁了还是不会说话，坠王觉的非常奇怪，不喜，就将她丢弃于南浮桑之阿空山之中。山中没有粮食，年纪小又不会采摘和捕猎，但是却能吞食日月精华。

根据古书记载可知，慈航道人本来就是女性，这与佛教不同，在佛教流行观点中，观音菩萨原本是男儿身，后来化作女儿身的。

另外还有一个很明显的不同点。

时间。

道教是中国土生土长的宗教，其有典可查的历史就有四千多年。根据《历代神仙通鉴》记载，慈航真人在商王时就已经修道成仙；另外《封神演义》记载的是商之纣王时期，慈航真人为元始天尊门下十二金仙之一，排名第三。

据此可知，慈航真人最迟在商末周初就已经存在于中国历史了，而佛教最早产生于汉朝时期，大约在在公元前4-5年之间，传入中国的时间大约在东汉时期，所以观音菩萨最早也只是在汉朝才出现在历史中。