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崇祯十七年四月下旬，整个天下出现了一幕幕戏剧性的大转折，在北方，李自成在山海关下惨遭大败，退回京师后匆匆称帝，然后弃城而逃。

在离城前他放了一把火，不过只烧了皇极殿、乾清宫、坤宁宫等部分宫殿，其它均没烧及，后面的宫殿安然无恙，京师落到了满清手中。

而在南方，同样是出现在令人眼花缭乱的变数。

就在东林党忙着为拥立潞王大造舆论的时候，四月二十四日，在凤阳总督马士英策划主持之下，福王朱由崧乘着漕运总督路振飞的漕运快船，在刘泽清、黄得功、刘良佐、高杰四位总兵派出大军护送之下，到达了与南京一江之隔的仪真。

与此同时，就连在荆襄忙于与大顺军鏖战的秦牧，也至书南京表示支持立嫡，支持福王继承大统。这就给南京诸臣造成了巨大的政治、军事压力。

四月二十六日，吕大器、姜曰广、钱谦益、黄道周、高弘图、张慎言、徐弘基、刘孔昭等文武诸臣在大兵压境的情况下，紧急召开了朝议，商讨拥立一事。

会议从当天早晨，一直开到中午都没有个结果出来。支持潞王的东林党与支持福王的其它大臣激烈争吵。

最后，“挺福派”主力诚意伯刘孔昭等人以死相威胁，东林中人这才意识到什么叫枪杆子里出政权。

他们既无兵可用，立贤在法理上也站不住脚，无奈之下，被迫同意拥立福王朱由崧继位。并且当即起草了一份迎立福王的公启。

随后，南京方面把这个决定通知了江北的马士英和史可法等人，马士英见事成了，心中大喜，这从龙首功已非他莫属；

史可法本来就主将立嫡。不过他属意的是桂王，面对这种结果也只能选择接受。

四月二十七日，南京礼部官员捧着百官公启，到仪真迎奉福王，宣布南京诸臣共同拥戴他继承大明正统，恳请他移驾南京，主持国家军政。

福王二十八日到达浦口，受到了以魏国公徐弘基为首的官员恭迎。

第二天，福王乘坐的船横渡长江，中午时分停泊于南京燕子矶。

三十日。南京诸臣一同登舟拜见福王，福王角巾葛衣，穿着十分朴素，神情平静而矜持，显得颇为成熟稳重，与东林党为他塑造的形象判若两人。