颜思齐的暴死，使得集团的权力斗争一下子陷入了白热化。

值得一提的是，在此前一个月前，郑芝龙的义父李旦也去世了，李旦手下庞大的势力交给了郑芝龙，郑芝龙凭借李旦留下的实力，成功夺得了颜思齐集团这股势力的头把交椅。

如此一来，李旦和颜思齐这两股势力，一下子全落到了郑芝龙手上，使他一跃成为东亚最强大的海上力量。

集两股强大势力于一身的郑芝龙，本应比颜思齐更有作为，颜思齐念念不忘占领日本，临终时还对大家说：“不佞与公等共事二载，本期创建功业，扬中国声名。今壮志未遂，中道夭折，公等其继起。”

可惜的是，郑芝龙只继承了颜思齐的实力，却没有继承他的遗志，他没有颜思齐那种志在四海的目光，他有的只是小聪明，只想着衣锦还乡。

到崇祯元年，郑芝龙手下扩大到了将近十万人，船只的数量达到一千五百多艘，横行东南沿海，无人可敌。

郑芝却忘了颜思齐的遗言，没有率领这支强大的力量杀向日本，而是杀回了东南沿海，在沿海地区的不断骚扰，令明廷非常不安。

当时的福建巡抚朱一冯无力应付，秘密约请荷兰人参予清剿郑芝龙的势力，作为报答，朱一冯将向皇帝请求让荷兰人获得与中国贸易的特权。

荷兰驻琉球的总督韦特便率军进攻郑芝龙，结果郑芝龙的炮火之猛烈，让韦特两脚发软，一炮未发，便仓惶率着维蕾德号、伊拉斯莫号船逃往爪哇去了。

后熊文灿出任福建巡抚，成功招抚了郑芝龙这只“燕雀”。郑芝龙从海盗头子变成了明朝的守备。

荷兰人贼心不死，集结在东亚的力量后，多次袭击福建，想从郑芝龙手上抢夺海上商路控制权，都被郑芝龙击退。

尤其是澎湖一战中，烧沉夷众数千计，生擒夷众一百一十八名，馘斩夷级二十颗，焚夷夹板巨舰五只，夺夷夹板巨舰一只，击破夷贼小舟五十余只，夺获盔甲、刀剑、罗经、海图等物皆有籍存。而前后铳死夷尸被夷拖去未割级者累累难数。

但郑芝龙招受招抚之后，精力都用在了经营福建上。

虽然在崇祯元年闽南大旱时，郑芝龙便乘机向熊文灿提议，招纳泉州、漳州数万名灾民，前往台湾岛垦殖，每人发给三两银，三个人发给一头牛，让他们在台湾岛上建立家园，开垦荒地。