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明代的土司制度贯穿始终，其间虽然也有过改土归流的举措，但大都是被动的。

比如永乐年间对黔东思州、思南田氏土司改土归流。这次成功的案例并非明廷主动为之。

原因是掌控思州的田氏长房与撑控思南的三房两家反目成仇。连续几代人相互残杀不止，黔东一直处于动乱之中，后来三房主动献土，明廷才乘机改土归流，并出兵灭掉思州田氏长房。

后来对播州杨氏土司、水东安氏土司改土归流，也是因为这些土司先发动了大规模叛乱，明廷平定叛乱后才顺势改土归流。

整个明代，对土司是比较优待的。中后期之后，由于明军战力低下，对土司军队也越来越倚重，经常得调用土司军队到中原来镇压叛乱，象石柱秦良玉，石屏的龙在田等，都曾长期进入中原为明廷作战。

象秦良玉那样深明大义的土司只是少数，大多数土司因为明廷的倚重，因而飞扬跋扈。明廷要靠他们平叛，无力管束，这些土司骄纵既久，越发桀骜不驯。进入中原平乱时，常常也趁机大肆抢掠，为祸不浅。

在他们的辖地周边，更是毫无忌惮，土司让土民四出抢掠，杀掳汉民，致使汉民不敢去耕作他们周边的土地，久而久之，这些土地便也变成他们的了。

有些则是汉人种下作物后，等到收成时，土司就纵土民来抢收，使劳作了一年的汉人颗粒无收。

官府调兵来，他们就遁入深山老林之中，这些地方穷僻，无法长期驻以大军，朝廷军队一走。他们又出来，劫掠如故。

总之，这种现在在明廷中后期的西南，已经是十分普遍，明廷忙于应付辽东，应付内地的叛乱，无力兼顾，西南土司的叛乱也越来越多。