同一时间，一向宗的本愿寺证如同意了京极家提出的联姻请求，本愿寺证如之子显如与三条夫人的妹妹（如春尼）定亲，双方约定等本愿寺显如成年之后便举行婚礼。

同时，山科地方的本愿寺在京极家的主导下开始重建，京极家领内爆发的一向一揆正式结束。

天文十六年，丹波地方爆发了小规模反叛，但是被京极家迅速镇压，盐见氏被攻灭。

同时，志摩水军在京极高政的授意下，由伊势国司北畠家牵头重新组建完成。新建的志摩水军由京极家任命的伊丹雅胜（伊丹康直）统领，整合了志摩本地水军和已经没落的熊野水军，京极家为此砸了不少钱。

志摩水军建立之后，很快同三好家的淡路水军联手清缴盘踞在纪伊、和泉、四国等地的海贼众，成果显着，纪伊水道恢复平静。

得益于京极家大力清缴海贼，使得濑户内海的航运贸易更加繁荣，为此堺港的会合众还亲自给京极家献金，希望这样的“清剿行动”能长期进行下去。

天文十七年，第二次小豆坂之战爆发，织田家与今川家再度因为三河地区的支配权大打出手。

不过这次合战，因为今川家一方的太原雪斋超神发挥，使得织田家大败，不但丢失了此前占据的三河地盘，还让原本臣属织田家的三河豪族重新回到了今川家的麾下。

织田信秀忧郁成疾，宣布隐居，将家督之位让给了织田信长，织田信长正式继位织田家督。

次月，京极家领内选拔人才，近江国众多贺氏出身的多贺贞能、镰刃城堀氏出身的堀秀重、山本山城的阿闭贞征、土肥氏出身的宫部继润四人脱颖而出，顺利成为京极高政旗本众。

京极高政原先的旗本，很多人现在都被委以重任。

比如畑山朝信在四国作为三好家和京极家的联络人常驻四国地区，林政信、山崎广家、大野木国重、野村元隆、远藤经世、片桐直重这些最早一批跟随京极高政的人，现在都被派往各地出任代官和城代。