林缚也是信奉“枪杆子里出政权”，不希望在军政上给外人制肘，淮东诸人也应主要团结在枢密院周围，也不应给分散开。

这边大义名份定下来，林缚就大张旗鼓的组建枢密院。

依照淮东军司之前的架构，枢密院仍旧设水军、步军、马军三司以及粮械、战训、教习、律纪、军情、军医等监，曹子昂都将调回江宁来，以补充人手的不足，与秦承祖、高宗庭、宋浮、林梦得、孙敬轩、孙敬堂、王成服、孙文炳、胡致诚、朱艾、武继业等人一起，又将虞万杲的子侄虞文澄、虞文备征入枢密院任将职，将枢密院的体系撑起来。

崇州五县裂为崇国，林缚委任李书义为崇国相，阶同知府，以掌民政；但海贸、厘金局、工坊、军械、铁作、船场等事务，有专人分管的，依旧由孙丰毅、周广东等人分管，没人分管的，由枢密院直领，最终还是归属到枢密院诸监司体系之下。

步军司所辖长山军、崇城军、淮阳军、凤离军保留不动，津海军除一旅精锐留在崇州为卫营外，其他悉数调入江宁。

林缚并无意将禁卫跟京营军分成两个系统，徒增麻烦，他一身兼领卫尉、京营都督两职，实际将京营军及禁卫统称禁营，也仿枢密院分设水、步、马三军：

设禁营水军，将原津海、庙山等部水军编入，补入辎兵，兵额定为一万，以杨一航为都指挥使。

设禁营步军，以赵虎都指挥使，以原津海军主力为骨架，补入辎兵，兵额定为两万，负责皇城、外城以及京畿诸县的防务。

设禁营马军，以周普为都指挥使。淮东就那么点骑兵，也只能一套班子挂两套牌子。

当然，禁营三军也都受枢密院水步马三司辖管，以最终保证军政大权能集中使用。

禁营军主要卫戍跟控制江宁，作战的任务减轻下来，故而不是林缚接下来要加强的重点。

浙东地区脱离战事的威胁，与海陵、淮安两府，都将改由江宁六部直辖，但在闽东、浙西、徐泗、池州、淮西、荆湖、湘潭、南阳、河中等地，都还直接面临战事的威胁。