兵部，尚书台所辖六部之一。

在陆逊背刺马超前后，霍峻考虑到他既要负责军事，又要负责国事，甚是麻烦。

在与诸葛亮商议之后，二人开始着手对尚书台各部门的架构与人事任命。

昔尚书台有五曹六尚书结构，三公曹，掌管年终对州郡官吏的考绩；吏部曹，掌管人事选举和祭祀；民曹，掌管一切有关修建和盐池苑囿的管理；客曹，掌管护驾边疆少数民族朝贺事务。

二千石曹，掌管司法诉讼事务；中都官曹，掌管水、火、盗贼等治安工作。除三公曹有两位尚书外，余者皆为一位尚书理事。六尚书下，各有侍郎六名，合计三十六人。

在霍峻、诸葛亮的主持下，重新编排尚书台各部门组织体系。引入兵部曹，将五曹六尚书改为六曹六尚书。

三公曹，改为吏部曹，负责州郡官吏的考绩，掌控官吏升迁；客曹、吏曹，合并改为礼部曹，负责教育、察举、祭祀、执掌诸夷外交事宜。

民曹改为工部曹，旧职权范围不变，将成都蜀锦、交岭制糖、盐铁官营等相应组织归入工部曹管理。二千石曹，改为刑部曹，负责重核州郡刑罚案件，管理州郡法官、治安等事务。

将旧五曹中有关赋税、田亩、户籍、俸禄等相关司曹，整合为户部曹。而后将武官之任选、水路驿站、边报传送、将士抚恤等相关部门整合起来，设兵部曹。

在尚书台设六部看似奇怪，但实际上尚书台在成为全国政务总汇之后，将中枢各权利集中到尚书台属于是必然之事。

如曹魏早就对尚书台改革，引入吏部、五兵、度支、左民等曹。名称与后世的六部或有些出入，但具体而言其职权与六部制并无大区别。

尚书台在经历南北朝之后，演变为尚书省。至于中书、门下二省，因曹操父子忌惮尚书台权利过大，故而设立中书监，即中书省之前身，以侍中、秘书郎分权尚书台。

南汉虽设秘书监，且以王粲负责。但其目的不是分尚书台之权，而是代皇帝负责起草文书，以及管理宫中侍郎、侍中。

历史上，曹叡托孤时，改变托孤人选者，正是负责中书监的刘放、孙资二人。及曹爽、司马懿辅政时，因有中书监分权，二人双双加领侍中，以确保二人可以插手中书监之事宜。

今霍峻、诸葛亮趁着空暇之机，调整尚书台下的架构，与曹魏相比而言，实际上还晚了一步。

金陵行台方面，霍峻根据其相应之事务，仅会设立部分部、司，以确保能将江东物资集中至金陵。