就这么又过了十多年，在庆长元年底（1596年），一艘西班牙商船“圣菲利普号”因为台风迷航无意中漂泊到了四国岛的土佐，由于语言不通被当做来路不明的敌人扣押了起来。

丰臣秀吉听说之后，派手下得力大臣前去处理。在审问船员的过程中，船长可能是因为害怕或者被动了刑，把实话给说了出来，传教士的真实目的是蛊惑民众颠覆统治。

这下可把丰臣秀吉给吓坏了，他手下就有多位大名改信了天主教，比如率兵入侵朝鲜的小西行长。如果传教士们真的有一天想造反，自己保不齐就得被手下人先刺杀了。

上位者一旦感觉到有人威胁到了自身的安全，大多会采取宁可信其有不可信其无、错杀一千也不放过一个的态度。丰臣秀吉当然也不例外，马上就展开了对日本天主教徒的清洗。

先是在天主教最盛行的长崎烧死了26个传教士和信徒，然后又逼着信奉天主教的大名改信其它宗教。一下子把天主教的发展势头完全遏制住，除了九州岛之外教众数量锐减。

如果照这个趋势下去，天主教很快就会从日本被连根拔除。不知道是幸运还是倒霉，此时丰臣秀吉突然病死了，继任者丰臣秀赖年纪太小，无法主持大局。

于是德川家康的东军开始和西军争夺幕府的控制权，不光顾不上清理天主教还得依仗传教士从葡萄牙和西班牙海商手里购买火枪和火炮，日本的天主教算是获得了宝贵的喘息机会。