随着官员的任命，海运衙门的临时称呼也走到了尽头，从此之后海运衙门正式更名为总参谋部海运都司，下属各类近海运输船300多艘，远洋武装货船50多艘，从业者23000余人。

从锦州的松山港到马尼拉港，建有20多座港口大型仓库区，承担了沿海省份和海外领地的大部分物资流通，以及海军和陆军的后勤补给工作。

原本的海军巡防卫升级为海军巡防都司，专事近海警戒、缉私、缉匪、救援，同时也是一线伤残人员安置、新兵培训考核基地。

新任巡防都司都指挥使毛文龙，授正五品武德将军衔。他本来在辽东边军任职，是李成梁的属下。

辽东镇被裁撤后跟着李如樟去了海军，袁可立对他的评价是胆大心细不循规蹈矩，在李如樟转去陆军之后，被调入巡防卫任千户。

好歹也是位历史名人，洪涛不得不多加关注，于是巡防卫的都指挥同知就成了赵贞元，原锦衣卫千户，授从四品宣武将军衔。

既然是军制改革，总不能光整编海军、陆军和新军，对原本的军队也得整顿，且还是重点。