自幼开始“曲木为弓”，精练骑射武艺，每发皆中。

至青年时，一次随俺答汗狩猎，忽然窜出一只斑斓猛虎现身，直扑俺答汗。众人登时惊慌逃避，唯独马芳面不改色，弯弓搭箭，当场击毙猛虎。

俺答汗对马芳赞赏不已，赠予他“良弓矢，善马”，还命他“侍左右”。

他离开大明的时候年纪还小，又得到了俺答汗如此重用，飞黄腾达指日可待。若是换成别人，恐怕早就已经投敌叛变了。

可是马芳却没有，他的心在大明，从来没变过。

嘉靖十六年，马芳乘跟随阿勒坦至临近明朝边镇的大同外围狩猎之机，趁夜盗马逃出，连夜投奔至大同军营。

跑到大同军营之后，马方遇到了伯乐——大同总兵官周尚文，

史载此人“多谋略，精骑射，优将才”。这位爱惜人才的名将见到马芳后大感惊奇，把他留在了身边，着重培养。

从此以后，马芳开始为大明征战，屡次奋勇冲杀。因他在蒙古生活多年，熟知蒙古骑兵的作战特点，所以每战皆能重创来敌，留下了很多功勋，官职也一升再升。

能打仗，也会做人，马芳和戚继光比较相像。

马芳每镇守一地，除悉心练兵防御外，更留心搜集当地珍奇土特产，用以馈赠各位“上级”。因此，他每每选将练兵，整饬军备，都“精兵良械优给之”。

到了后来，高拱失势被逐，张居正取而代之。随后，身为高拱亲信的王崇古被御史陈堂弹劾“弛防徇敌”，不得不引咎辞职。马芳随后也未能幸免。

他担心不能通过阅视，于是贿赂武库司郎中林绍、怀隆及兵备参议吴哲、阅视侍郎吴百朋。吴百朋告发此事，奏请朝廷提审马芳。