因为这座凭窟寺院，乃是则天大圣还是皇后时，捐赠脂粉钱建造的；因此曾有专门的偏殿，用来敬奉武氏先人。但经武周代唐期间的盛极一时之后，随着神龙革命李唐复辟，奉先寺地位就尴尬了。

作为武氏篡唐的这段黑历史，给大唐君臣所留下来心理阴影面积；历朝历代对于武氏后裔可谓是防范甚深。哪怕唐玄宗极尽宠爱的武蕙妃，也绝不立她所生的寿王李瑁为太子，就怕的是故事重演。

所以，作为供养武则天三代先人的奉先寺，名为东都的皇寺之一，其实是被长期边缘化了。甚至连那些发达的武氏支系后裔，比如武则天的曾侄孙武元衡之流，在出将入相之后也难免敬而远之。

就是为了避免沾染上，与则天大圣有关的痕迹和标签；而触动到李唐皇家的敏感神经。要知道，则天大圣在世时杀李唐宗室、大臣如割草；动则就是瓜蔓抄。造就了索元礼、来俊臣一代酷吏之名。

当年除了起兵琅琊王李冲、越王李贞外。韩王李元嘉、鲁王李灵夔、霍王李元轨、纪王李慎、江都王李绪、黄国公李撰、东莞郡公李融、常乐公主等，或被逼自杀，或斩首市曹，或死于流放途中。

李唐宗室几乎被杀戮殆尽。就连当年睿宗李旦的妃子刘氏、窦氏（玄宗生母也因为巫蛊案赐死。而被罢黜为相王的睿宗，更是与诸多子女一起，长期幽禁于东宫别院，渡过了很长一段囚居岁月。

在此期间为了开解心怀，也是为了让中宫大内安心。睿宗李旦与一众儿女苦中作乐，偷偷取来器乐终日笙歌以对；最终达成人均器乐精通。著名梨园祖师唐玄宗李隆基，就是因此打得一手好羯鼓。

因此，相对于开元、天宝年间的盛世之期，奉先寺几乎是差点儿就被人给荒废了。虽然，圣天子未必会因此介怀，这么一处偏殿内供着武氏先人的寺院；但是架不住底下人揣摩上意的种种操作。

后来安史之乱爆发，各路官军与洛阳安庆绪部，混战拉锯龙门山、香山一代；结果就是附近寺院被烧成白地。寺院里的僧人被充军，法器、装饰和金身被剥夺一空，梁柱建材也被拉去构筑营垒。