对史可法大失所望的阎尔梅因此写了首诗讽刺他：

左右有言使公惧，

拔营退走扬州去。

两河义士雄心灰，

号泣攀辕公不驻。

此时，清军主力正在兵分两路攻打陕西，一路由英亲王阿济格率领。吴三桂为前锋；一路由豫亲王多铎率领，孔有德为前锋。

李自成亲率十多万大军迎战潼关，二月，清军运来红衣大炮猛轰。眼看潼关守不住，加上李过守卫的延安被阿济格一路清军攻陷，李自成匆匆退回西安，焚毁室庐。带着家眷辎重，出蓝田口，向商州、南阳逃窜。关中由此落入清军手中。

紧接着多尔衮传令留英亲王阿济格继续追击李自成，令多铎率大军回师河南，奔袭江南；

清军多为骑兵，行军速度之快极为惊人。

开封、归德等诸州县望风而降。包括江北四镇中的刘泽清和刘良佐，也一并降了多铎。清廷褒奖多铎功劳，赐嵌珠佩刀、金鞓带。

西路阿济格率吴三桂、尚可喜等数万劲旅，对李自成紧追不舍，在商州、邓州等地连败李自成，并斩李自成手下大将刘宗敏，大顺军许多家眷被清军追获，下场惨不忍睹。

李自成二十万大军被追得如丧家之犬，因担心清军有红衣大炮襄阳守不住，竟然连襄阳也放弃了，留一部分部队依汉水南岸阻击后，大军继续南逃，一路逃向随州，直走武昌。

风雨飘摇，南京君臣还在忙着平息真假太子案，同时阮大铖也利用这些机会，大翻逆案，东林党不甘示弱，在这个时候竟联合左良玉清君侧。

左良玉正担心无法抵抗多铎，与东林党一拍即合，号称四十万大军逼向南京，朝廷急招黄得功和秦牧勤王。

多铎率领的清军顺势而下，与大股降兵克泗州，渡淮河趋扬州。

西面，张献忠率十万大军打着抗清的旗号，北上汉中，准备趁阿济格南下荆襄追击李自成，关中兵力空虚之机，夺取关中。却在凤凰山一带遭到何洛会率领的清军袭击。交战中张献忠身中流箭而亡。