每艘舰配备有三至五根桅杆，除了最后一根桅杆使用三角帆外，它大多都配以横帆作为船帆，航行速度得以提高，亦易于操舵。

每艘夹板船装备有二十五门以上的大炮，最多者多达四五十门。火炮威力要比郑家军强大；其次荷兰人基本上都使用西洋人制造的最先进的来复枪。这种来复枪据说射程远，精度高，威力非常惊人。

这次郑芝豹足足带了两万五千人马。五六百艘战船，如此兴师动众，就是出于对荷兰武器精良的忌惮。对于郑家来说，此战必须取胜，否则郑家就连条个安身之所都没有。

怀着这样的心情，郑芝豹率领着浩大的舰队顺风东去，第一天的航行非常顺利，次日，舰队抵达澎湖列岛。

在澎湖列岛休整一天后。郑家舰队继续向东航行，但遇上了大雾，好在郑芝豹他们这对附近的航道比较熟悉，到了中午。大雾散去，碧空如洗，万里无云，郑芝豹下令满帆全速前进。

次日拂晓。舰队抵达台湾岛外沙线，天亮时，驶抵鹿耳门。此时天下起了大雨。海上一片苍茫，而且此处暗礁很多，再前进十分危险。

士兵们因此变得躁动不安起来，有将领劝郑芝豹暂时退去，等天气转好之后再来进攻。

郑芝豹知道一但退去，士气必定低落，于是鼓舞大家道：“这雨早不下迟不下，这个时候才下，正是老天爷在帮助咱们，为咱们隐藏行踪。红毛鬼子一定想不到咱们会在这样的天气来攻打他们，大家不要怕，咱们只要坚持住，必定能打红毛鬼子一个猝不及防。”

赤嵌城与热兰遮城离得不是很远，临海一面有许多小岛屿，进入的航道主要有两条；

一条为北航道，又称为鹿耳门港道，这条港道水文条件十分复杂，港道曲折迂回，且水深较浅，水底皆沙，纵横布列，大船进入十分困难。只有熟悉航道的人才能从稍深处觅港出入，港路窄狭，仅容两艘船平行。