陆军左都督为陆军最高指挥官，海军左都督为海军最高指挥官，各自的属官有都督同知、都督佥事各两人，都督参谋长和都督参谋共30人，协理本军事宜。

都指挥使司为军队最大常设编制，下辖5個卫，由都指挥使掌印。属官有都指挥同知、都指挥佥事各两人，都指挥参谋长和都指挥参谋共20人，分管作战、训练、后勤、军械、情报、通讯、账目等。

每个卫下辖5个千户，由指挥使掌印，属官有指挥同知、指挥佥事各一人，指挥参谋长和指挥参谋共10人，分管作战、训练、后勤、军械、情报、通讯、账目等。

每个千户下辖10个百户，由千户掌印，属官有同知、佥事各一人，千户参谋长和千户参谋共5人，分管作战、训练、后勤、军械、情报、通讯、账目等。

每个百户下辖2个队，每队下辖5个什，由百户掌印，百户参谋2人，分管作战、训练、后勤、军械、情报、通讯、账目等。

每个什下辖2个伍，共10名士卒，由什长掌印，属官有伍长两名，分管作战、训练、后勤、军械、通讯等事，不配备参谋职务。

从都督参谋长到百户参谋的品阶勋官与军官相同，但采用双重领导，其任免、奖惩权在总参谋部和海陆两军参谋部，任何部门不得越权干涉。